Garnapokabólga er bólguástand sem getur skapast hjá sjúklingum sem hafa farið í aðgerð vegna sáraristilbólgu. Um 50% fá garnapokabólgu innan 10 ára frá aðgerðinni. Einkennin eru versandi niðurgangur, blóðugar hægðir og stundum hiti, almenn vanlíðan og liðverkir. Við holsjárskoðun á garnapokanum er slímhimnan bólgin, rauð og smá blæðing frá henni og við smásjárskoðun sést jafnframt sáraristilbólgu-líkt ástand en einungis bundið við neðsta hluta mjógirnisins. Orsökin er óþekkt en fyrirliggjandi eru gögn um breytingar á bakteríuflórunni í pokanum á þann veg að bakteríufjöldinn er meiri en eðlilegt er í neðsta hluta mjógirnisins. Garnapokabólga er meðhöndluð með sýklalyfjum (metrónidazol eða ciprófloxacíni). Annar kostur er að meðhöndla með annaðhvort 5-ASA-lyfi eða barkstera í stílaformi. Um 5% fá langvinna garnapokabólgu og þá þarf að fjarlægja pokann og gera varanlegt garnastóma.
Á síðustu árum hefur verið völ á nýjum meðferðarmöguleika með bætibakteríulyfjum (probiotica). Við bætibakteríumeðferð eru gefnar lifandi örverur sem hafa læknandi áhrif við inntöku. Fjöldi rannsókna hefur sýnt fram á gagnsemi bætibakteríumeðferðar, bæði við virkri garnapokabólgu og til að fyrirbyggja garnapokabólgu. Bætibakteríulyf eru enn ekki fáanleg á almennum markaði.