Samkvæmt Vínar-flokkuninni (flokkunaraðferð sem samþykkt var á þingi meltingarfærasérfræðinga í Vínarborg 1998) er Crohns flokkaður eftir: því á hvaða aldri einstaklingur greinist með sjúkdóminn (A), staðsetningu sjúkdómsins (L) og hegðun sjúkdómsins (B). L1 sjúkdómur er staðbundinn í neðsta hluta smágirnis, L2 í ristlinum, L3 í smágirni og ristli og L4 í efri hluta maga og þarma (fyrir ofan neðsta hluta smágirnis). B1 sjúkdómur veldur ekki þrengslum og er ekki ífarandi, B2 þýðir að sjúkdómurinn veldur þrengslum og B3 að hann er ífarandi.
Það, að sjúkdómurinn orsakar þrengsli, þýðir að bólga hefur orsakað ífarandi þrengsli í holrúmi þarmana. Þrengsli koma til af bólgu í þörmunum vegna bólguviðbragða eða vegna örmyndunar vegna langvarandi bólgu. Þrengsli eru staðfest í holsjárskoðun (speglun) eða með röntgenrannsókn af þörmunum. Þegar sjúkdómurinn er ífarandi breiðist bólgan út fyrir þarmana og orsakar ígerð eða falskan gang (myndar fistla) frá einum hluta þarmanna til annars eða út í húð, þvagblöðruna eða leggöngin.
Í danskri rannsókn skiptust einstaklingar, sem voru nýgreindir með Crohns-sjúkdóm, í eftirfarandi flokka: L1 32%, L2 39%, L3 22% og L4 7%. Sjúkdómurinn er sjaldgæfur í efri hluta maga og þarma og til einföldunar má segja að samkvæmt staðsetningu skiptist sjúkdómurinn að einum þriðja hluta í flokkana: smágirnissjúkdóm , smágirnis- og ristilsjúkdóm og ristilsjúkdóm.
Sjúkdómurinn helst ekki óbreyttur. Þannig breytist hann oft frá því að valda ekki þrengslum, vera ekki ífarandi yfir í að valda annaðhvort þrengslum eða verða ífarandi. Meirihluti einstaklinga með Crohns-sjúkdóm fær fyrr eða síðar einkenni vegna fylgikvilla eins og þrengsla, ígerðar eða fistlamyndunar.