Crohns-sjúkdóm má skilgreina sem sjálfsofnæmissjúkdóm, sem aðallega kemur fram sem langvinnur þarmasjúkdómur. Einkennin eru einkum frá þörmum, en önnur líffærakerfi geta einnig verið undirlögð. Algengustu einkennin eru niðurgangur, sem kemur fram hjá 90% einstaklinga með Crohns-sjúkdóm, og kviðverkir sem koma fram hjá 80% þeirra. Ef sjúkdómurinn er í ristlinum getur blóð og gröftur verið í hægðunum. Ef sjúkdómurinn er í efsta hluta maga og þarma
geta helstu einkennin verið ógleði og uppköst. Oft koma einnig fram almenn einkenni eins og þreyta, langvarandi hiti eða hiti öðru hverju, þyngdartap, tíðateppa og hjá börnum getur sjúkdómurinn seinkað vexti og þroska.
Einkenni utan þarma
Um 20-30% fá einkenni frá líffærakerfum utan þarmanna. Algengust eru einkenni frá liðum (20‑25%) sem lýsa sér sem útbreiddir liðverkir eða liðbólgur. Lítill hluti fær bakverki vegna þess að bólguferlið hefur áhrif á hryggjarliðina. Á húðina geta komið sár eða rósahnútar, sem eru aumir, heitir og rauðir hnútar framan á fótleggjunum. Auk þess geta komið fram bólgur í augum og munni. Bólgur í gallvegum fylgja sjaldan Crohns-sjúkdómi. Dæmigert er að einkennin utan þarmanna sveiflist með alvarleikastigi sjúkdómsins og það dregur úr flestum einkennunum þegar sá hluti þarmanna sem er undirlagður af sjúkdómnum er fjarlægður með skurðaðgerð eða þegar sjúkdómurinn er meðhöndlaður með lyfjum.