Alvarleg bólga eða örvefsmyndun í þörmum getur leitt til þrengsla. Þetta er algengast við sjúkdóm í smágirni en getur einnig verið í ristlinum. Dæmigert er að einkennin komi smám saman vegna þess að aukin þrengsli valdi vægri garnastíflu. Fólk fær kviðverki, ógleði og í svæsnum tilvikum uppköst. Ef bólgan breiðist út fyrir þarmana getur myndast ígerð eða fölsk göng frá sjúka hluta þarmanna til annarra líffæra (fistill). Um það bil 10-30% einstaklinga með Crohns-sjúkdóm fá graftarkýli í kviðarholi sem veldur kviðverkjum og hita. Kýlið getur tæmst inn í þarminn en oft er skurðaðgerð nauðsynleg. Fistlar geta náð frá sjúka hluta þarmanna til annarra hluta þeirra eða náð til húðarinnar, þvagblöðrunnar eða legganganna.
Einkenni frá svæðinu kringum endaþarmsop eru einnig algeng. Hjá u.þ.b. 1/3 kemur sjúkdómurinn fyrst fram á þessu svæði og u.þ.b. 2/3 fá einhvern tíma sjúkdóminn í kringum endaþarminn. Graftarkýli veldur verkjum, bólgu og hita á köflum. Einkenni fistla er graftrarútferð, ýmist stöðug eða öðru hverju.