Til að greina virkni sjúkdómsins hafa verið þróaðir mismunandi mælikvarðar sem grundvallast á einkennum einstaklingsins og hlutlægum niðurstöðum. Sá þekktasti er CDAI (Crohns Disease Activity Index (mælikvarði á sjúkdómsvirkni Crohns-sjúkdóms)) og Harvey-Bradshaw mælikvarðinn. Mat á sjúkdómsvirkni með CDAI byggist á spurningalista sem fylltur er út í sjö daga. Á listann er skráður fjöldi losunar hægða á sólarhring, sársaukastig kviðverkja og almenn líðan og niðurstöður blóð- og læknisrannsókna. CDAI er of umfangsmikill til daglegar notkunar og því fyrst og fremst notaður í lyfjarannsóknum. Við mat á umfangi bólgusvörunar, og þar með sjúkdómsvirkni, er almennt stuðst við einkennin sem sjúklingurinn er með og gildi CRP og orosómúkóíðs í blóðinu. Niðurstöður mats á sjúkdómsvirkni eru lagðar til grundvallar þegar verið er að ákveða hvort hefja eigi lyfjameðferð eða breyta um lyf. Ef læknirinn er í vafa um sjúkdómsvirknina getur verið nauðsynlegt að framkvæma holsjárskoðun á ristli og/eða rannsókn á smágirni.
