Rannsóknir síðustu ára hafa fært sönnur á að bólgusjúkdómar í þörmum koma fram þegar óæskilegt samspil verður milli bakteríuflóru þarmanna og ónæmisvarna líkamans. Hlutverk ónæmiskerfisins er m.a. að verja líkamann gegn árás veira, baktería og annarra örvera. Hjá þeim sem eru með bólgusjúkdóma í þörmum er ónæmisvarnarkerfið ofvirkt þrátt fyrir að sýking sé ekki til staðar. Virknin veldur skaðlegum bólguviðbrögðum sem orsaka bólgu, roða og sáramyndun í þörmunum. Þetta er orsökin fyrir þeim einkennum sem fólk með sáraristilbólgu og Crohns-sjúkdóm fær.
Þarmarnir mynda vörn milli umheimsins og líkamans og þess vegna innheldur slímhúðin mikinn fjölda ónæmisfrumna sem eiga að hindra aðgang örvera. Á yfirborði þarmanna eru margar milljónir baktería sem eru eðlileg bakteríuflóra þarmanna. Það er einnig á þessum landamærum sem ferlið sem liggur að baki bólgusjúkdóma í þörmum fer í gang. Hjá einstaklingum með sérstaka erfðafræðilega tilhneigingu er álitið að bakteríurnar geti leyst úr læðingi viðvarandi virkni ónæmisvarnarkerfisins. Orsakirnar fyrir þessu eru enn ekki alveg ljósar, en hugsanlega er þetta flókið samspil fjögurra mismunandi þátta:
Skaðleg utanaðkomandi baktería veldur bólguviðbrögðunum. Þrátt fyrir að fjöldi rannsókna hafi verið gerður hefur enn ekki tekist að staðfesta tilveru ákveðinnar sjúkdómsvaldandi bakteríu.
Erfðaþættir hjá sumum einstaklingum gera það að verkum að auðveldara er fyrir bakteríur að þrengja sér inn í slímhúðina. Orsakirnar fyrir því geta verið að staðbundnar ónæmisvarnir bregðast ekki nægilega við bakteríum sem þrengja sér inn og að slímhúðin innheldur ekki nægilega mikinn fjölda bakteríudrepandi sameinda (m.a. mótefni). Þetta útleysir ekki strax næg viðbrögð og síðan í kjölfarið óviðeigandi öflug viðbrögð, sem gera það að verkum að ónæmisfrumurnar berast úr blóðinu í þarmaslímhúðina og valda langvinnu bólguástandi.
Erfðaþættir hafa í för með sér að ónæmisvarnarkerfið bregst á réttan hátt við bakteríum sem þrengja sér inn, en of kröftuglega, og veldur þannig skaðlegum bólguviðbrögðum.