Hjá u.þ.b. fjórðungi einstaklinga með Crohns-sjúkdóm myndast gangar (fistlar) frá endaþarminum til húðarinnar í kringum endaþarminn, algengast þegar sjúkdómurinn er í endaþarminum. Áður en meðferð hefst er oft nauðsynlegt að meta ástand fistlanna frá þarmaslímhúð til húðarinnar. Það er gert með holsjárskoðun, segulómun, ómskoðun eða rannsókn í fullri deyfingu/svæfingu. Fistla sem ekki valda einkennum þarf oft ekki að meðhöndla. Ef útferð eða bólga fylgir fistlinum er í fyrstu reynd sýklalyfjameðferð (metrónídazól, síprófloxasín) eða azatíóprín (sjá kaflann Önnur ónæmisbælandi lyf). Meðferðin dregur úr útferðinni og leiðir í sumum tilvikum til þess að fistillinn lokast. Meðferð með lífefnalyfjum hefur einnig reynst árangursrík; meðferðin getur stöðvað útferð og í sumum tilfellum leitt til þess að fistillinn lokist.:
Meðferð við einkennum utan þarmanna: Einkenni frá liðum, augum og húð fylgja oft alvarlegri stigum þarmasjúkdóma. Því miðarr meðferðin fyrst og fremst að því að ná tökum á þarmasjúkdómnum. Auk þess fer meðferðin fram í samráði við gigtarlækni, húðlækni og augnlækni.