Framvinda Crohns-sjúkdómsins er á þrennan hátt. Sá algengasti er langvinnur með hléum, hjá u.þ.b. 80%. Framvindan einkennist af sjúkdómshléum sem vara allt frá nokkrum mánuðum til ára en á milli eru bakslög með sjúkdómsvirkni. Það er einstaklingsbundið hversu oft sjúklingar fá bakslag. Um það bil 20% eru með langvinnan stöðugan sjúkdóm með viðvarandi sjúkdómsvirkni og stöðugum einkennum. Einungis örfáir eru með óvirkan sjúkdóm og eru einkennalausir í lengri tíma.
